La historia sigue a Kyon, el protagonista que ha estado viviendo una serie de eventos extraños debido a la presencia de su compañera de clase, Haruhi Suzumiya, una chica con habilidades sobrehumanas, aunque ella misma no lo sabe.

Un día, Kyon despierta y se encuentra en un mundo que ha cambiado por completo: Haruhi ha desaparecido, y la brigada SOS, que ella fundó, ya no existe. El mundo parece haber tomado un giro hacia lo normal y predecible, sin las anomalías o sucesos sobrenaturales que antes llenaban su vida. Los miembros de la brigada, como Yuki Nagato, Mikuru Asahina y Itsuki Koizumi, son completamente diferentes, sin recuerdos de lo que ocurrió.

Kyon, confundido y alarmado, trata de desentrañar el misterio detrás de la desaparición de Haruhi. A medida que investiga, descubre que su rol en los eventos sobrenaturales del pasado podría ser más crucial de lo que jamás imaginó. Mientras intenta recuperar a Haruhi y restaurar el equilibrio de su realidad, Kyon se enfrenta a difíciles decisiones que lo llevarán a cuestionar la naturaleza misma de su existencia y su relación con la chica que, sin saberlo, ha alterado el curso del universo.